Согласно TechNet https://technet.microsoft.com/en-us/library/jj983794(v=exchg.150).aspx разница заключается в намерении:
Общие почтовые ящики предназначены для внешнего общения (например, help@company.com), общие папки - для внутреннего сотрудничества (например, ProjectTeam@company.com).
Общий почтовый ящик
Общий почтовый ящик - это почтовый ящик, к которому могут обращаться несколько назначенных пользователей для чтения и отправки сообщений электронной почты, а также для совместного использования общего календаря. Общие почтовые ящики могут предоставлять общий адрес электронной почты (например, info@contoso.com или sales@contoso.com), который клиенты могут использовать, чтобы узнать о вашей компании.
Общая папка
Общие папки предназначены для общего доступа и предоставляют простой и эффективный способ сбора, организации и обмена информацией с другими людьми в вашей рабочей группе или организации.