Для Excel 2010 или 2013 я бы использовал для этого надстройку Power Query. В Excel 2016 Power Query встроен в ленту данных в разделе "Получить и преобразовать".
Power Query может запускаться из папки, содержащей файлы Excel. Он возвращает это в виде таблицы со списком файлов, которые вы можете фильтровать по мере необходимости. Ключевой метод на этом этапе - добавить столбец с формулой:
Excel.Workbook ( [Content] )
Затем вы можете расширить этот столбец, чтобы получить список таблиц и именованных диапазонов в каждом файле. Продолжайте расширяться, и вы попадете в строку данных в каждой таблице. Если файлы согласованы, вы сможете фильтровать только те данные, которые вам нужны. Результат может быть записан в новую таблицу Excel.
По умолчанию это будет делать полное обновление каждый раз, когда вы говорите ему "Обновить ваш запрос" - это, как правило, самый надежный метод. Если вам нужно что-то более сложное, вы можете прочитать "Основные" данные и сопоставить их с помощью слияния, чтобы исключить уже загруженные строки.