Начнем с теоретического ответа. USB 3.0 имеет более высокую (с SuperSpeed, намного более высокую) потенциальную пропускную способность, поэтому он должен иметь фундаментальное преимущество. Однако в большинстве случаев диски, которые вы подключаете к портам USB 3.0, на самом деле являются жесткими дисками SATA с внешним корпусом и поэтому либо транслируют данные, либо инкапсулируют данные для передачи через интерфейс USB 3.0.
Следовательно, обычно вы получаете ограничения SATA с накладными расходами при использовании USB 3.0, поэтому даже с теоретической точки зрения нет явного победителя. В этой статье тестировались аналогичные накопители с различными интерфейсами и предполагается, что USB 3.0 лучше подходит для чтения, но eSATA стала победителем для записи. Ваш пробег может варьироваться в зависимости от вашего диска и от того, как он управляет переводом на USB 3.0 в целом (иногда на самом деле нет способа узнать, пока вы не протестируете).
В вашем конкретном случае вы используете твердотельный накопитель на основе SATA, так что, в принципе, да, с USB-адаптером будут дополнительные издержки (просто убедитесь, что это USB 3.0 - eSATA определенно выигрывает у USB 2.0), но вы можете получить как хорошо, так и лучше производительность в любом случае в зависимости от того, насколько хорош адаптер.
