Существует два разных формата почтовых ящиков, и вам нужно знать, какой из них используется.
Более старый формат - MBOX и представляет собой отдельный файл для каждой папки (если используется IMAP).
Более новый формат - MailDir. Это гораздо более распространено и сейчас используется большинством почтовых серверов (за исключением Microsoft Exchange и Lotus Notes, конечно). Это использует более сложную папку и формат файла. Хотя структура все еще легко понять.
В любом случае, хотя вы можете использовать инструменты файловой системы для копирования, вам необходимо убедиться, что почтовый сервер не пытается обновить файлы одновременно. Поэтому, как правило, это безопасно, только когда почтовый сервер не работает.
В конкретном случае вы упоминаете. Если формат MBOX, копия будет читаться соответствующим почтовым клиентом. Но вы могли сломать почтовый сервер.