Для NTFS место всегда занято (основной таблицей файлов, которая является специальным скрытым файлом).
Нет способа сделать его действительно пустым. Вы можете немного изменить размер MFT, используя различные параметры при форматировании раздела NTFS.
(По умолчанию Windows использует достаточно большой MFT, что хорошо для обычного жесткого диска с шаблоном использования общего назначения, но иногда не очень эффективно на съемных носителях или на дисках сервера, которые имеют не универсальный шаблон использования.)
Термин BOOTMGR - красная сельдь. Эта конкретная утилита, которую вы использовали, вероятно, всегда называет первый сектор диска BOOOTMGR, независимо от того, что там на самом деле.
Обычно первые 512 байтов содержат таблицу разделов и (необязательно) первый этап загрузчика. Если диск использует сектора больше 512 байт (в вашем случае 4K), остальная часть этого 1-го сектора не используется.
Для FAT32 первый реально используемый блок - это фактически второй сектор диска, который также будет содержать некоторые издержки файловой системы. Всегда папка занимает немного места. Это также относится к (пустой) ROOT-папке на диске.
Невозможно, чтобы файловая система была на 100% пустой. Некоторые накладные расходы всегда требуются.