Будет ли заметная разница?
В большинстве случаев: нет.
PCI-e v3 может быть в два раза быстрее, чем PCI-e v2, но большинство карт не имеют ограниченной пропускной способности. Поэтому снижение пропускной способности приводит к небольшому (4% -ному) снижению производительности.
Есть исключения из этого. Например, при использовании GPCPU/OpenCL, где помогает более низкая задержка PCI-e v3. Или когда вы используете экстремальные разрешения (скажем, 5760x1920) и высокие настройки в играх. Но в большинстве случаев заметной разницы не будет.
Означает ли покупка достойной видеокарты для PCIE 3.0 (GTX 660) пустая трата денег по сравнению с покупкой другой PCIE 2.0?
Только если карта с поддержкой v3 дороже, чем карта с одинаковой производительностью, использующая PCI-e v2, и если вы не собираетесь оставлять карту при покупке следующего компьютера.
Отказ от ответственности: Все это предполагает, что вы используете слот x16. Если вы поместите карту в слоты x4 или x1, то разница в скорости между v2 и v3 станет более заметной.