Самое простое, о чем я могу подумать, это то, что если ваша среда разработки и среда развертывания похожи, вам будет легче вытащить зависимости. Если это автономный проект, это хорошо, но во многих веб-приложениях необходимо использовать внешние зависимости - спросите своего ведущего разработчика о том, какие внешние библиотеки они используют и как они обновляются.
Многие разработчики также отдают предпочтение инструментам, которые могут быть в той или иной ОС - возможно, ваши другие разработчики являются поклонниками Vim или Emacs, например, или по предпочтению используют клиента системы управления версиями cli.
Конечно, вы можете получить лучшее из обоих миров с виртуальной машиной (или отдельным сервером linux) и / или использованием putty и smb для совместного использования файлов.
Тем не менее, в конце дня вы должны чувствовать себя комфортно с базовыми настройками. Начните работать в Windows - найдите реальные проблемы, с которыми вы сталкиваетесь в среде, и выясните, как их обойти.