Я использую следующую команду:
ffmpeg -i old_video.mkv -vcodec copy -acodec copy -c:s mov_text new_video.mp4
Он конвертирует mkv в mp4, но полученный MP4 не имеет субтитров, жестко закодированных, а как отдельный канал, что является проблемой, поскольку мой телевизор не поддерживает субтитры (но они отображаются в медиаплеере с поддержкой субтитров).