Если я выделю текст в текстовом PDF (а не в отсканированном), выделение появится под текстом, а не над текстом.
Я также мог бы проверить, что есть постоянная разница в координатах между текстом и прямоугольной аннотацией, нарисованной вокруг него, используя PDFBox и Java.
Будем рады услышать от любого, кто знает почему. Благодарю.