Для файлов Excel 2003-2007 вы можете снять флажок "Проверять совместимость при сохранении этой книги" в появившемся диалоговом окне. Это относится только к конкретной книге, которую вы сохраняете. Но этого будет достаточно, чтобы всплывающее окно перестало появляться при каждом сохранении файла. Вы можете хотя бы поработать над одним файлом по частям. Я искал эту же опцию для файлов .csv, но не нашел ничего в том же духе.
Если вы любите приключения, попробуйте подключить плагин Disable Excel Compatibility Checker в Excel Guru. Автор говорит, что он довольно простой, работает только с файлами .xls и не был тщательно протестирован. Но, может, стоит проверить.