Чтобы быть точным: нет никакой разницы, так как оба небезопасны. Существуют вирусы, которые заражают MBR, которая не затрагивается форматированием, будь то быстрое или полное. В то время как Windows 95 в основном уничтожала вирусы этого типа, выполняя некоторые простые проверки для них, работая в защищенном режиме и, вообще говоря, предотвращая запись программ непосредственно на диск, они вернулись. Некоторое время назад был запущен руткит, который заразил MBR под Windows. Если у вас это есть, вам нужно загрузиться в чистой среде, то есть начать с live-CD или подключить жесткий диск к другому компьютеру и очистить MBR перед форматированием разделов. Перезапись диска (всего диска, а не отдельных разделов) - это еще один способ сделать то же самое.
PS! "Полный формат" в настоящее время означает "проверить диск на несоответствия", а не "полностью очистить". Он никоим образом не мешает кому-либо восстанавливать файлы, он просто гарантирует, что все области на диске доступны для чтения. Это просто, как диски теперь работают.