Во-первых, вы можете отключить ярлык с помощью бесплатной утилиты BetterTouchTool. Инструкция для этого уже есть в этом ответе. Это должно работать для вашей виртуальной машины, но если бы вы хотели использовать ярлык другого приложения и просто отключили комбинацию клавиш в глобальном масштабе с помощью BTT, это отключило бы и это приложение.
Кроме того, визуальные подсказки для ярлыков (⌃⇧J) будут оставаться на панели инструментов, они просто не будут работать, поэтому, если вы позже забудете, что отключили его, и попытаетесь выяснить, почему что-то не работает, у вас будет тяжелое время.
Во-вторых, я бы порекомендовал использовать Google Japanese Input, который является более многофункциональным, чем родной метод ввода Apple. Он не использует сочетания клавиш Ctrl+Shift+J , но, с другой стороны, он использует другие сочетания клавиш, так что это скорее сдвиг проблемы, чем ее решение.
В-третьих, вы можете создать свою собственную раскладку клавиатуры с помощью Ukelele. По сути, он также отключает все ярлыки, введенные Apple или Google для японских методов ввода.
Вам все еще нужно иметь японский ввод (либо Apple, либо Google), чтобы он работал, но тогда вы можете использовать только две клавиши для переключения: 英 数 для вашего и か な для японского (хирагана с заменой слов).
Я не знаю, какой смысл это иметь для русского языка, поскольку вы используете совершенно другой макет и, вероятно, должны переключаться между тремя макетами. Я создал свой собственный макет для польско-программисты макета, который , по существу, "расширенный" английский клавиатура с национальными символами набраны с помощью правильного ⌘. Так что для меня этот метод уменьшил 3 макета до 2.
Тем не менее (в дополнение к отсутствию ярлыков) вы можете использовать метод для определения ярлыков для длинных гласных в Хепберн, например: ō или ū; или сделайте английскую раскладку, соответствующую русскому языку для не алфавитных символов.