Либо "это зависит", либо "оба".
Если вы идете в индустрию, которая сильно ориентирована на Windows или Linux, тогда сконцентрируйтесь на этой стороне, в противном случае вы, вероятно, столкнетесь с обоими и должны хорошо понять хотя бы основы обоих. На какой из них вы концентрируетесь, вам в какой-то момент придется взаимодействовать с другой.
Поскольку с Linux легче играть (из-за его доступности), вы можете довольно легко запустить Windows Server 2012 Eval Edition в виртуальных машинах, хотя это может противоречить лицензионному соглашению, поэтому подготовьте этот текст подробно, прежде чем продолжить. Вам потребуется переустановить через шесть месяцев после истечения срока действия пробной лицензии, и опять-таки это может быть связано с лицензионным соглашением, но в остальном у вас есть доступ ко всему, так что вы можете настроить в своем личном наборе виртуальных машин DC (или две или более), пара серверов и клиентов, и играйте в свое удовольствие, чтобы узнать, что происходит. Если вы посещаете официальный курс, вы также можете иметь право на получение лицензии на образование в вашем учебном заведении. Другие варианты практики администрирования функций, которые не требуют более высоких выпусков Windows, - это использование некоторых дешевых поставщиков VPS, которые предлагают аренду лицензий Windows вместе со своим продуктом в эти дни.
Что касается проблем с лицензионным соглашением: учебная / ревизионная книга Microsoft Press для экзаменационных документов 70-463, использующая таким образом ознакомительные выпуски как для Windows, так и для SQL Server, поэтому, хотя она может и не поддерживаться официально, она кажется приемлемым учусь. Хотя я не юрист, так что возьми это с грузовиком с солью.