Насколько я понимаю, (у меня есть только базовое рабочее ноу-хау о том, как запустить сервер Minecraft), вы хотели бы что-то вроде этого.
Установите экран, если у вас его еще нет
sudo apt-get install screen
screen -S "Minecraft server Me"
cd /location/of/minecraft/config/
Запустите сервер minecraft, как только вы найдете конфигурацию, подобную этой
java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_server.jar nogu
Для твоего брата
screen -S "Minecraft server Brother"
cd /location/of/minecraft/configforbrother/
Запустите его экземпляр
java -Xmx1024M -Xms1024M -jar minecraft_serverbrother.jar nogui
Это, однако, позволит вам одновременно запускать только один сервер minecraft. Однако вы можете изменить порт, к которому привязывается сервер minecraft при запуске и запуске нескольких серверов minecraft одновременно.
Посмотрите здесь более подробные объяснения о том, как запустить Minecraft на Linux