IE в меню «Пуск» - это программа, отличная от той, которую вы запускаете на рабочем столе, поэтому они выглядят совершенно иначе. Это не значит, что существует одна версия IE, и вы либо запускаете ее в «режиме современного пользовательского интерфейса» или «режиме рабочего стола» - вы буквально запускаете две отдельные программы.
Помимо очевидных различий в «внешнем виде», существуют некоторые принципиальные различия в терминах архитектуры (WinRT для Modern UI и Win32 для настольных компьютеров), обсуждение которых, вероятно, лучше подходит для StackExchange, а не для SuperUser. Но, короче говоря, одно большое отличие состоит в том, что жизненный цикл современных приложений пользовательского интерфейса означает, что они не потребляют ресурсы постоянно, когда вы ими не пользуетесь, как это делают настольные приложения, что полезно для запуска его на небольших устройствах, где сохранение памяти и батареи важнее.