В PyMOL есть плагин под названием инструмент APBS (http://www.pymolwiki.org/index.php/Apbsplugin), который требует трех разных файловых входов:
- Двоичный файл APBS (apbs.exe)
- APBS файл psize.py
- Файл PDB2PQR pdb2pqr.py
Я установил APBS, и в моей папке C:\APBS есть и apbs.exe, и psize.py. Проблема в PDB2PQR, я скачал http://sourceforge.net/projects/pdb2pqr/files/latest/download (версия 2.0.0 для 64-битной Windows) извлек его содержимое и не смог найти какой-либо файл pdb2pqr.py в извлеченном каталог. Я также попытался загрузить tarball pdb2pqr 1.8.0 (.tar.gz) и извлечь его содержимое, как мне сообщили в списке рассылки пользователей PyMOL, что он должен содержать файл pdb2pqr.py и может быть более совместим с PyMOL. Но этот tarball является исходным кодом и должен быть скомпилирован, что невозможно в Windows 7, насколько мне известно.