Если вы уверены, какие файлы вы хотите сохранить, и убедитесь, что они находятся в нужном разделе, то да, это сработает, но вы должны быть осторожны, чтобы все файлы, которые необходимо сохранить, были сохранены в разделе важных файлов. Многие программы для Windows написаны плохо и предполагают, что у вас есть только один жесткий диск, что они могут хранить файлы где угодно (большинство старых программ) или что вам не нужен прямой доступ к файлам, поэтому их не должно быть с все остальные документы, которые вы обычно хотели бы сохранить (например, файлы базы данных или почтовые хранилища).
Единственный способ узнать наверняка о программах, которые вы используете, - это на самом деле попробовать - что требует либо резервного копирования раздела Windows на случай возникновения проблемы, либо с потерей некоторых файлов.