Клонирование между дисками напрямую приведет к клонированию таблицы разделов. Это проблематично, поскольку в этом случае новый диск будет иметь раздел, который больше, чем диск. Клонирование необработанных данных еще более проблематично, поскольку нет гарантии, что файлы будут сжаты на первых 128 гигабайтах диска большего размера.
Самое безопасное - разделить новый диск с помощью специального инструмента вместо клонирования таблиц разделов, а затем перенести все файлы, скопировав файлы, как это было бы случайно или с помощью образа.
Когда вы работаете с файловыми системами, родными для linux, самое простое решение - отформатировать целевой диск в соответствии с потребностями и rsync целых файловых систем для новых разделов. Последний шаг - скопировать MBR (первые 512 байт жесткого диска).
В NTFS есть ntfsclone
из пакета ntfs-3g, который можно использовать для создания снимков. Остерегайтесь, однако, у вас, вероятно, будут проблемы с загрузкой после восстановления образа в новый раздел. Страница руководства ntfsclone объясняет почему.
Самый простой способ сделать загрузочную установку Windows снова после клонирования - запустить установку и выбрать процедуру "Восстановить Windows". Несмотря на то, что на большинстве простых (один жесткий диск - один раздел) клонирование MBR с помощью dd должно сработать.