Самый простой способ сделать то, что вы хотите, это изменить исходный документ и заново создать документ из этого. PDF - это язык описания макета страницы. Насколько вы знаете, в файл может даже не быть встроенный символ, а только его графическое представление. (Тем не менее, обратите внимание, что программа просмотра Acrobat довольно хорошо "угадывает" символ из установленного шрифта, если файл содержит глиф, который не встроен и не установлен в системе.)
Если вы не можете изменить исходный файл, некоторые программы могут позволить вам внести изменения. Acrobat Pro должен быть в состоянии. (Из того, что вы написали, я не знаю, почему ваши попытки потерпели неудачу.)
Если нет, вам придется изменить файл программно. (И вот тут-то и придет stackoverflow.com.) Вы можете сделать это с помощью API Acrobat или какого-либо другого проприетарного коммерческого API, или вы можете попробовать использовать что-то вроде pdftk. (Я не сделал ни того, ни другого, и больше не могу вам в этом помочь.)
Обратите внимание, что обычно проще всего изменить исходный документ.