Мне нравится DEVONthink. Хотя у меня нет сканера, его настоятельно рекомендуют люди, которые используют его для сканирования и организации бумажных документов.
DEVONthink хранит ваши документы, отсканированные документы, сообщения электронной почты, заметки, закладки и т.д. В одном месте. Получите доступ к живым веб-страницам изнутри DEVONthink для просмотра, извлечения дополнительной информации.
Это стоит денег, от 50 до 150 долларов в зависимости от того, какое издание вы покупаете. Я получил бесплатную копию "Личного" через продвижение MacHeist, но я бы обязательно купил ее копию, если бы мне пришлось. У них есть пробная версия, так что вы можете попробовать.
После повторного изучения этой темы кажется, что общий язык - DEVONthink Pro и Fujitsu ScanSnap (модель 5500 часто упоминается для пользователей Mac). Вот сообщение в блоге с дополнительной информацией. Вероятно, вы можете найти больше информации, чем вы хотите, выполнив поиск в Google по запросу "scansnap devonthink". Когда это уложится в бюджет, я пойду этим путем.