DEP сам по себе не является методом предотвращения запуска вирусов или подобных программ. Все, что он делает - на поддерживаемом оборудовании - включает бит NX для страниц данных. Это означает, что программа не может выполнить свои собственные данные. Это просто мера безопасности, и она смягчает или, по крайней мере, ослабляет некоторые виды атак или плохого поведения. За счет программы принудительно прекращается, правда.
В случае с Skype вполне может оказаться, что собственные методы запутывания Skype работают против них. Также такие программы, как компиляторы Just-in-time, должны выписывать исполняемый программный код.
Как конечный пользователь не может полностью решить, был ли DEP вызван законным действием. Вероятно, можно с уверенностью сказать, что почти все случаи DEP, убивающие программу, являются ложными срабатываниями, тем более что DEP в Windows XP может быть относительно легко обойден вредоносными программами.