Вы можете решить эту проблему, используя различные стили абзаца для содержимого фрейма и основного текста:
Включить нумерацию строк для всего документа (меню « Tools
» -> « Line Numbering...
»; не забудьте включить подсчет « Lines in text frames
»):

Назначить пользовательский стиль абзаца для содержимого кадра ;
Отключите нумерацию строк для стиля абзаца по умолчанию и включите его только для пользовательского стиля, используемого в кадрах. На вкладке « Outline and Numbering
» свойств стиля абзаца вы можете включить / отключить нумерацию строк для текущего стиля абзаца:

В результате номера строк будут появляться только в текстовых абзацах во фреймах:

РЕДАКТИРОВАТЬ:
Позаботьтесь о том, чтобы установить соответствующее значение для левого интервала (Свойства кадра -> вкладка « Borders
» -> « Spacing to contents
»), чтобы убедиться, что от содержимого осталось достаточно места для отображения номеров строк.