Вы можете решить эту проблему, используя различные стили абзаца для содержимого фрейма и основного текста:
Включить нумерацию строк для всего документа (меню « Tools » -> « Line Numbering... »; не забудьте включить подсчет « Lines in text frames »):

Назначить пользовательский стиль абзаца для содержимого кадра ;
Отключите нумерацию строк для стиля абзаца по умолчанию и включите его только для пользовательского стиля, используемого в кадрах. На вкладке « Outline and Numbering » свойств стиля абзаца вы можете включить / отключить нумерацию строк для текущего стиля абзаца:

В результате номера строк будут появляться только в текстовых абзацах во фреймах:

РЕДАКТИРОВАТЬ:
Позаботьтесь о том, чтобы установить соответствующее значение для левого интервала (Свойства кадра -> вкладка « Borders » -> « Spacing to contents »), чтобы убедиться, что от содержимого осталось достаточно места для отображения номеров строк.