Старый вопрос, но я сам смотрел на это и думал, что отвечу.
Здесь есть хорошее обсуждение: http://blogs.msdn.com/b/virtual_pc_guy/archive/2010/11/19/time-synchronization-in-hyper-v.aspx
Но в основном ключевой ответ на ваш вопрос - это нормально, и виртуальная машина все равно будет синхронизироваться через Hyper-V во время начальной загрузки, но сама Windows будет использовать настроенный вами NTP-сервер.
... вы можете «частично отключить» синхронизацию времени Hyper-V. Причина, по которой я говорю «частично отключить», заключается в том, что вы не хотите отключать аспекты синхронизации времени Hyper-V, которые фиксируют время после первой загрузки виртуальной машины или после возвращения виртуальной машины из сохраненное состояние. Никакой другой источник синхронизации времени не может элегантно справиться с этими сценариями.
К счастью, есть способ оставить эту функциональность нетронутой, но при этом обеспечить ежедневную синхронизацию времени с помощью внешнего источника времени. Ключевым моментом здесь является то, что можно отключить поставщика синхронизации времени Hyper-V в инфраструктуре синхронизации времени Windows, при этом оставляя службу включенной и включенной в Hyper-V.
Для этого вам нужно будет войти на виртуальную машину, открыть административную командную строку и выполнить следующие команды:
reg add HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\W32Time\TimeProviders\VMICTimeProvider /v Enabled /t reg_dword /d 0
Эта команда не позволяет W32Time использовать службу интеграции синхронизации времени Hyper-V для мгновенной синхронизации. Помните, что ранее в этом посте мы не использовали инфраструктуру синхронизации времени Windows, чтобы скорректировать время в случае загрузки / восстановления виртуальной машины из сохраненного состояния или моментального снимка. Таким образом, эти операции не затрагиваются.