"Загрузчик" ConEmu просто указывает cmd.exe
выполнить %ConEmuBaseDir%\clink\clink.bat
.
Итак, решение простое.
Переименуйте оригинальный clink.bat
в что-то, например clink_load.bat
и создайте свой собственный однострочный clink.bat
@"%~dp0clink_load.bat" --profile yourpath inject
Более того, вы можете установить (скопировать все файлы) clink в подпапку, например, %ConEmuBaseDir%\clink\vendor
и создать %ConEmuBaseDir%\clink\clink.bat
содержащий
@"%~dp0vendor\clink.bat" %*
Там вы можете передать любые желаемые аргументы вашему клинкеру. Даже используя некоторые переменные окружения из настроек ConEmu.