"Загрузчик" ConEmu просто указывает cmd.exe выполнить %ConEmuBaseDir%\clink\clink.bat .
Итак, решение простое.
Переименуйте оригинальный clink.bat в что-то, например clink_load.bat и создайте свой собственный однострочный clink.bat
@"%~dp0clink_load.bat" --profile yourpath inject
Более того, вы можете установить (скопировать все файлы) clink в подпапку, например, %ConEmuBaseDir%\clink\vendor и создать %ConEmuBaseDir%\clink\clink.bat содержащий
@"%~dp0vendor\clink.bat" %*
Там вы можете передать любые желаемые аргументы вашему клинкеру. Даже используя некоторые переменные окружения из настроек ConEmu.