Нет поддерживаемого способа синхронизации только определенных ноутбуков. Это функция, которую мы надеемся добавить в будущих версиях Tomboy.
На данный момент вам придется написать собственное решение. Написание надстройки Tomboy, вероятно, имело бы смысл, или, если вы работаете только в Linux, вы можете написать сценарий Python, который обращается к Tomboy через его интерфейс dbus.
Использование Unison или другого инструмента для прямой синхронизации файлов не будет работать, поскольку Tomboy хранит все файлы заметок в одном каталоге, независимо от того, к какой записной книжке они принадлежат.