Ну, я подумал, что нашел лучший способ, но оказывается, что надстройка Word 2007 "Сохранить как PDF" создает необычные ссылки в PDF-файлах.  Он полностью исключает свойство borderWidth .  Acrobat предполагает, что значение borderWidth умолчанию равно 0, поэтому ссылки выглядят нормально.  В Preview.app по умолчанию значение borderWidth 1, поэтому ссылки имеют черный ящик.
К сожалению, Acrobat Pro 9 для Mac не может редактировать свойства ссылки через графический интерфейс, возможно, из-за отсутствующего атрибута.  Он может редактировать свойства выхода через JavaScript, но не позволит вам установить атрибут, которого еще нет.  
Для быстрого взлома следующий JavaScript добавит в Acrobat пункт меню под названием "Сделать ссылки невидимыми" - поместите его в каталог ~/Library/Application Support/Adobe/Acrobat/9.0_x86/JavaScripts .  Это меняет borderColor цвета на белый.  Если у вас близко установленный тип, он не будет лучше черного; для моих целей это работало достаточно хорошо.  На самом деле может быть возможно получить атрибуты из существующей ссылки, удалить ее и создать новую ссылку с надлежащим borderWidth , но я не стал пытаться.
Оказывается, Word 2007 делает так много плохих вещей для PDF (встраивание дублированных шрифтов и т.д.), Которые я в итоге купил для Windows версии Acrobat Standard; он добавляет меню Acrobat на ленту, и его вывод выглядит великолепно.
app.addMenuItem({
  cName:"Make links invisible", 
  cParent:"Tools",
  cExec:"makeLinksInvisible();"
});
function makeLinksInvisible() {
  for ( var p = 0; p < this.numPages; p++) 
  {
    var box = this.getPageBox("Crop", p);
    var links = this.getLinks(p, box);
    for each (l in links) {
      l.borderColor = color.white;
    }
  }
}