Я знаю, что я использую SuperUser, а не StackOverflow, но решение этой проблемы можно найти с помощью кода VBA в Excel 2016.
У меня похожая (более сложная) проблема.
Я хочу добавить несколько фильтров для явных столбцов, но не для строки 1, а только для строки 2, как вы можете видеть на следующем снимке экрана. 

Я пытался использовать Excel GUI, но это кажется невозможным, поэтому я написал следующий код:
'********************************************************
'* SetFilter()
'********************************************************
'* PUBLIC method to call to define CUSTOM AutoFilter
'* on complex header.
'********************************************************
Sub SetFilter()
  'Compute last row number
  Dim nLast As Long
  nLast = Range("A" & Rows.Count).End(xlUp).Row
  'Lock screen update 
  Application.ScreenUpdating = False
  'Unmerge merged cells to allow adding filter
  Range("A1:A2").MergeCells = False
  Range("B1:B2").MergeCells = False
  Range("C1:C2").MergeCells = False
  Range("D1:D2").MergeCells = False
  Range("E1:E2").MergeCells = False
  Range("F1:F2").MergeCells = False
  'Add filter on row 2 and not 1  
  Range("A2:Z" & nLast).Select
  Selection.AutoFilter
  'Remove (or Hide) filter combobox for some columns
  Selection.AutoFilter Field:=GetColumnIndex("C"), VisibleDropDown:=False
  Selection.AutoFilter Field:=GetColumnIndex("G"), VisibleDropDown:=False
  Selection.AutoFilter Field:=GetColumnIndex("H"), VisibleDropDown:=False
  'Merge unmerged cells to restore previous state
  Range("A1:A2").MergeCells = True
  Range("B1:B2").MergeCells = True
  Range("C1:C2").MergeCells = True
  Range("D1:D2").MergeCells = True
  Range("E1:E2").MergeCells = True
  Range("F1:F2").MergeCells = True
  'Unlock screen update 
  Application.ScreenUpdating = True
End Sub
'********************************************************
'* GetColumnIndex()
'********************************************************
'* return column's index from column letters
'********************************************************
Function GetColumnIndex(sColLetter As String) As Integer
    Dim n As Integer: n = 0
    Dim iMax As Integer: iMax = Len(sColLetter)
    Dim i As Integer
    Dim sChar As String
    Dim c As Integer
    For i = 1 To iMax
        sChar = Mid(sColLetter, i, 1)
        c = 1 + Asc(sChar) - Asc("A")
        n = n * 26 + c
    Next
    If n = 1 Then
      n = 1
    End If
    GetColumnIndex = n
End Function
Логика этого кода
A. Слейте вертикально объединенные ячейки заголовка, чтобы добавить фильтр в строке 2
Range("A1:A2").MergeCells = False
Ячейки А1 и А2 не объединены.
Б. Добавьте автофильтр во все ячейки строки 2
Range("A2:Z" & nLast).AutoFilter
Автофильтр создается для ячеек во всех строках, кроме строки 1.
C. Удалить или скрыть FILTER Combobox для некоторых столбцов
Selection.AutoFilter Field:=GetColumnIndex("C"), VisibleDropDown:=False
DropBox столбца "C" скрыт.
D. Объединить незакрепленные клетки, чтобы восстановить исходное состояние
Range("A1:A2").MergeCells = True
Клетки А1 и А2 снова объединены.