Как установить "gputools" в R

Question

Я использую самообслуживание R 2.15 на CentOS 6.4

Вся среда CUDA верна (я написал программу CUDA C)

а у меня ням установлен R-devel

Я до сих пор не могу установить gputools для R

Зачем?

* 
config.status: creating src/Makefile
config.status: creating R/gpuSvm.R
config.status: creating R/gpuFastICA.R
config.status: creating R/gpuSvd.R
** libs
** arch - 
/usr/local/cuda-5.0/bin/nvcc -gencode arch=compute_10,code=sm_10 -gencode arch=compute_11,code=sm_11 -gencode arch=compute_12,code=sm_12 -gencode arch=compute_13,code=sm_13 -gencode arch=compute_20,code=sm_20 -c -I. -I/usr/local/cuda-5.0/include  -Xcompiler -fpic kendall.cu -o kendall.o
ptxas /tmp/tmpxft_00002846_00000000-17_kendall.compute_10.ptx, line 285; warning : Double is not supported. Demoting to float
ptxas /tmp/tmpxft_00002846_00000000-14_kendall.compute_11.ptx, line 285; warning : Double is not supported. Demoting to float
ptxas /tmp/tmpxft_00002846_00000000-11_kendall.compute_12.ptx, line 285; warning : Double is not supported. Demoting to float
/usr/local/cuda-5.0/bin/nvcc -gencode arch=compute_10,code=sm_10 -gencode arch=compute_11,code=sm_11 -gencode arch=compute_12,code=sm_12 -gencode arch=compute_13,code=sm_13 -gencode arch=compute_20,code=sm_20 -c -I. -I/usr/local/cuda-5.0/include  -Xcompiler -fpic classification.cu -o classification.o
classification.cu:24:14: error: R.h: No such file or directory
make: *** [classification.o] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘gputools’
* removing ‘/usr/local/lib64/R/library/gputools’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpD9AnXS/downloaded_packages’
Updating HTML index of packages in '.Library'
Making packages.html  ... done
Warning message:
In install.packages("gputools") :
  installation of package ‘gputools’ had non-zero exit status

Answer 1

Я получил вознаграждение за этот вопрос, но через некоторое время я понял, как его решить, поэтому я мог бы также опубликовать его здесь в качестве ответа.

Похоже, nvcc запрашивает /usr /lib /R /include, которого нет в ubuntu 12.04. Вот решение (проверено на Ubuntu 12.04)

sudo aptitude install r-base-dev
cd /usr/lib/R
sudo ln -s /usr/share/R/include .

Теперь запустите R и установите gputools как обычно. Он должен работать. Вы должны быть в состоянии разработать что-то похожее на CentOS.

Answer 2

У меня есть Debian Wheezy и я следовал инструкциям Nvidia по Ubuntu CUDA, как мог. Когда я все установил, я не смог установить gputools в R3.01. Этот пост был билетом к решению проблемы. После того, как я создал ссылку со следующими двумя строками в терминале, я мог успешно установить gputools.

cd /usr /lib /R sudo ln -s /usr /share /R /include.

Не забывайте о конце и точке!

Если вы используете Debian Wheezy, убедитесь, что вы также включили включение cuda в свой PATH и LD_LIBRARY_PATH, как указано в инструкциях Nvidia cuda. Чтобы сделать их постоянными, поместите следующие две строки после операторов PATH в /etc /profile. Эти операторы PATH находятся внутри структуры if ... fi, поэтому разместите строки после оператора fi. Помещение этого в /etc /profile позволит убедиться, что обновления доступны для всех пользователей.

export PATH = $ PATH:/usr/local/cuda-5.5/bin export LD_LIBRARY_PATH = "/usr/local/cuda-5.5/lib64"

Обратите внимание, если у вас уже есть LD_LIBRARY_PATH, вы должны заменить

экспорт LD_LIBRARY_PATH = $ LD_LIBRARY_PATH:/usr/local/cuda-5.5/lib64

за

export LD_LIBRARY_PATH = "/usr/local/cuda-5.5/lib64"

Ура!