Как ввести пакеты Rsubread, Edge R и Limma в R в Cygwin?

Question

Я новичок в Cygwin и хочу установить три пакета под названием Rsubread EdgeR и limma в R в Cygwin. Я набрал R в консоли Cygwin и один раз в среде R, затем установил пакеты как:

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("Rsubread")

Но как только я закончил установку, я не могу загрузить пакет, используя библиотеку (Rsubread), и это говорит о том, что пакета под названием Rsubread .

Есть идеи, в чем проблема?

Большое спасибо за помощь

Answer 1

следующее из черновика-рукописи. Это работало в прошлом, но недавнее обновление Rsubread, кажется, вызывает проблемы (см. Мой вопрос о bioconductor). Хорошо - если вы используете правильную версию R/Bioconductor, она должна работать. И я надеюсь, что нынешняя проблема будет исправлена в будущем.

Скачайте Cygwin-installer и начните установку. Пройдите через диалоговое окно, пока не сможете выбрать пакеты, которые вы хотите установить. Выберите следующие пакеты в дополнение к выбранным по умолчанию (для библиотек, оканчивающихся на «-devel», дважды проверьте, выбрана ли версия без «-devel»).

• Архив:
  • libbz2-devel: файл / архив BZip
• Devel:
  • gcc-core: коллекция компиляторов GNU (C, OpenMP)
  • gcc-g++: коллекция компиляторов GNU (C++)
  • gcc-fortran: Коллекция компиляторов GNU (Фортран)
  • make: версия утилиты make для GNU
• Libs:
  • libcurl-devel: многопротокольная библиотека для передачи файлов (разработка)
  • libiconv-devel: реализация iconv () в Юникоде
  • libicu-devel: компонент интернационализации IBM для Unicode
  • libintl-devel: библиотека времени выполнения интернационализации GNU
  • liblzma-devel: библиотека LZMA de / compress (разработка)
  • libpcre-devel: разработка библиотеки регулярных выражений, совместимых с Perl
  • libtirpc-devel: порт независимой от транспорта библиотеки RPC от Sun
  • libxml2-devel: библиотека GNOME XML (разработка)
  • zlib-devel: Gzip de / библиотека сжатия (разработка)
• Наука:
  • R: R Статистический вычислительный язык

После завершения установки Cygwin запустите Cygwin, введите "R" и нажмите Enter, чтобы запустить консоль R. По крайней мере, для выравнивания коротких операций чтения (т. Е. Использования Rsubread) вам необходимо использовать эту консоль. Обратите внимание, что пакеты, установленные в консоли Cygwin R, недоступны для любой другой собственной установки R (т. Е. R, установленной с установщиком, доступным на cran.r-project.org).

И хорошо - это должно быть понятно, чтобы установить Rsubread в Cygwin-R:

source("THE BIOCONDUCTOR LINK - yes, I'm not allowed to post more than 2 links")
biocLite()
biocLite("Rsubread")

С шагами выше, эти пакеты будут работать также:

biocLite(c("SRAdb", "Rsamtools", "biomaRt", "DESeq2", "edgeR", "limma"))