Приложения устанавливаются в отдельную изолированную программную среду для каждого приложения - удаление уничтожает эти программные среды, как если бы они никогда не существовали. Что касается реестра, приложения, похоже, не имеют прямого доступа к реестру, поэтому здесь нет никаких проблем (и, честно говоря, несколько случайных ключей не окажут заметного влияния на производительность - любой, кто попытается убедить вас в обратном, вероятно, собирается попробуйте продать вам бессмысленный инструмент.)
Если вы переустановите приложение, оно будет проходить точно так же, как если бы оно было впервые установлено на устройстве. Существует небольшое предостережение для тех приложений, которые могут перемещать свои данные, что, я думаю, будет продолжаться и для устройств с установленным приложением.