Я считаю, что правильным инструментом для такого рода приложений будет программа резервного копирования. Звучит так, будто вы хотите создать образ компьютера, и такие программы, как Acronis, Macrium Reflect и Norton Ghost, предназначены для этого.
Вы также можете использовать Sandboxie для тестирования. Sandboxie позволяет запускать программы в изолированных песочницах, поэтому, если одна из них выходит из строя, вы можете удалить песочницу и начать все сначала.
Мало того, что полная система Windows будет содержать гораздо больше информации, чем Git был разработан для отслеживания, но есть и другая информация, которую Git явно не отслеживает, например, разрешения NTFS, которые будут потеряны при "восстановлении".
Честно говоря, один человек создал среду тестирования, управляемую с помощью Git, но он использовал Windows 98, эмулированную в устаревшей версии Win4lin. Я предполагаю, что эта среда не то, что вы хотите сделать, поэтому я бы даже не стал ее рассматривать.