Я удивлен, что никто не говорил о базовой технологии. В большинстве новых более крупных флэш-накопителей используется технология многоуровневых ячеек (MLC), в то время как в старых накопителях используется одноуровневая ячейка (SLC). Производительность небольших файлов намного, намного лучше с дисками на основе SLC.
Флэш-накопители MLC намного плотнее, и прошивки дисков справляются с плотностью, используя очень большие блоки для хранения данных (а не типичные блоки из 512 секторов, которые используются обычным шпиндельным диском). Размер блока может варьироваться от 32 КиБ до 1 МиБ. Эта архитектура убивает производительность записи небольших файлов.
Короче говоря, у SLC-флешек такой проблемы нет. К сожалению, диски SLC более дорогие, а также гораздо менее плотные (обычно менее 4 ГБ).
Существует множество оптимизаций файловой системы, которые вы можете сделать, чтобы оптимизировать под большие размеры блоков MLC, но это большая работа, так как обычно вы не знаете размер блока, который использует флэш-диск (они всегда сообщают о 512-байтовых секторах, для причины совместимости). Я не знаю о Windows, но в Linux есть много настроек, которые можно оптимизировать с помощью ext4 (шага и ширины шага) и XFS (su и sw). Как правило, поиск наилучших параметров является полностью эмпирическим - вам нужно экспериментировать, пока не найдете то, что работает лучше всего.
Я не уверен, что вы все еще можете найти на рынке флэш-диски на базе SLC (MLC намного дешевле), но Corsair Flash Voyager 4 ГБ, который я купил в 2007 году, я полагаю, это SLC вместо MLC, и небольшой файл производительность превосходна с этим (проверьте эталоны этого в то время).