Это может зависеть от сервера, хотя обычно старый файл просто перезаписывается. Однако есть одна большая оговорка: в зависимости от владельца и прав, установленных для файла (и каталога, в котором он находится), файл, который в противном случае был бы перезаписан, может привести к ошибке, поскольку ваша учетная запись пользователя не имеет правильных прав доступа для удаления. / изменить его.
Поведение может также отличаться между клиентскими приложениями FTP. Некоторые просто отправляют файл, который вы ему сообщаете, по умолчанию, перезаписывая один из них, если сервер не требуется, и сервер разрешает, где некоторые могут проверить текущий список каталогов сервера и спросить вас, уверены ли вы в первую очередь.