Вообще говоря, внешние накопители не имеют пропускной способности для запуска программного обеспечения так быстро, как если бы вы запускали его с внутреннего накопителя вашего ноутбука. Тем не менее, существует множество так называемых "портативных" версий приложений, которые можно запускать с внешних дисков; PortableApps - лучший ресурс. Так, например, запуск Firefox позволяет вам сохранять все свои закладки и предпочтения от компьютера к компьютеру.
Лично я бы посоветовал не разбивать внешние диски на несколько разделов. По своему опыту я всегда "извлекал" один из разделов и забывал извлекать другой, прежде чем физически отключать устройство, что может привести к потере данных. Если вы менее рассеянны, чем я, хотя бы огонь :)
Вероятно, вашей главной заботой будет вопрос о том, какую файловую систему использовать, и это в значительной степени зависит от машин, на которых вы будете ее использовать. При условии, что вы будете использовать его на компьютерах с Windows XP, Vista и 7, вы можете использовать только один раздел и NTFS для максимальной надежности и производительности.
Инструменты разбиения существуют в Windows 2000 и более поздних версиях в разделе «Администрирование» → «Управление компьютером» → «Хранилище» → «Управление дисками». Если это не работает (редко, но не случайно ), PartedMagic - это бесплатный загрузочный дистрибутив Linux с очень простыми в использовании инструментами графического разбиения. Однако, как и при любых операциях с жестким диском, не забудьте создать резервную копию своих данных, прежде чем пытаться что-либо делать!