Для PDF я недавно открыл Mendeley. Он кроссплатформенный (в настоящее время использует его в Windows и Ubuntu), а также предлагает несколько гигабайт бесплатного онлайн-хранилища для синхронизации книг, если вам нужна эта функция. Он имеет функции тегов и папок, интерфейс с вкладками, инструменты для комментариев и запоминает, где вы в последний раз оставили чтение. Лично мне не нравится интерфейс Caliber и тот факт, что я нашел его довольно медленным.
Тем не менее, он не поддерживает форматы электронных книг (например, epub), что обидно, так как это действительно хорошее бесплатное программное обеспечение. Я рекомендую вам все еще взглянуть на это, как я делал, когда мне нужно было что-то для чтения книг, и я не был разочарован!