Afaik, апплет Gnome использует cpufreq-selector. Я думаю, что эта команда выполняется под капотом, когда вы используете апплет:
  sudo cpufreq-selector --governor = производительность --freq = 2000
Вы можете запустить команду напрямую и посмотреть, видите ли вы разницу в поведении.
Пакет cpufrequtils предоставляет утилиты, которые помогут вам управлять масштабированием процессора. Установите пакет и проверьте параметры своего процессора через cpufreq-info.
$ cpufreq-info 
cpufrequtils 004: cpufreq-info (C) Dominik Brodowski 2004-2006
Report errors and bugs to cpufreq@lists.linux.org.uk, please.
analyzing CPU 0:
  driver: acpi-cpufreq
  CPUs which need to switch frequency at the same time: 0
  hardware limits: 1000 MHz - 1.67 GHz
  available frequency steps: 1.67 GHz, 1.33 GHz, 1000 MHz
  available cpufreq governors: conservative, ondemand, userspace, powersave, performance
  current policy: frequency should be within 1000 MHz and 1.67 GHz.
                  The governor "ondemand" may decide which speed to use
                  within this range.
  current CPU frequency is 1000 MHz.
  cpufreq stats: 1.67 GHz:0.00%, 1.33 GHz:0.00%, 1000 MHz:0.01%  (3526)
analyzing CPU 1:
  driver: acpi-cpufreq
  CPUs which need to switch frequency at the same time: 1
  hardware limits: 1000 MHz - 1.67 GHz
  available frequency steps: 1.67 GHz, 1.33 GHz, 1000 MHz
  available cpufreq governors: conservative, ondemand, userspace, powersave, performance
  current policy: frequency should be within 1000 MHz and 1.67 GHz.
                  The governor "ondemand" may decide which speed to use
                  within this range.
  current CPU frequency is 1000 MHz.
  cpufreq stats: 1.67 GHz:0.00%, 1.33 GHz:0.00%, 1000 MHz:0.01%  (3737)
Затем попробуйте установить минимальную частоту, которую регулятор может использовать с помощью команды cpufreq-set . Надеемся, что это будет лучше, чем команда cpufreq-selector . 
NAME
       cpufreq-set - A small tool which allows to modify cpufreq settings.
SYNTAX
       cpufreq-set [options]
DESCRIPTION
       cpufreq-set   allows  you  to  modify  cpufreq  settings  without  having  to  type  e.g.
       "/sys/devices/system/cpu/cpu0/cpufreq/scaling_set_speed" all the time.
OPTIONS
       -c --cpu <CPU>
              number of CPU where cpufreq settings shall be modified.
       -d --min <FREQ>
              new minimum CPU frequency the governor may select.
       -u --max <FREQ>
              new maximum CPU frequency the governor may select.
       -g --governor <GOV>
              new cpufreq governor.
       -f --freq <FREQ>
              specific frequency to be set. Requires userspace  governor  to  be  available  and
              loaded.
Обратите внимание, что я понятия не имею о недостатках этого. Вполне возможно, что вы существенно сократите срок службы своего процессора, если он будет постоянно работать на максимальной частоте.