Примечание: я уверен, что SuperUser уже имеет хороший ответ на этот вопрос. Я не мог найти это, однако.)
Обе диски и файловые системы делят свое пространство на блоки (сектора, кластеры) определенного размера, обычно кратные двум в диапазоне 512 B ~ 8192 B.
Когда раздел не "выровнен", то есть когда файловая система начинается в середине физического сектора, запись одного кластера файловой системы включает чтение, обновление и переписывание нескольких физических секторов:
1 2 3
fsys: |-------|-------|-------|
disk: |-------|--'----|--'----|-------|
1 2 3 4
В приведенном выше примере для записи кластера файловой системы № 2 контроллер диска должен прочитать блоки № 2 и № 3, а затем записать обратно в одно и то же место (после ожидания вращения пластин почти на 360 °, если это жесткий диск).
Но если раздел выровнен, все, что нужно, это одна запись.
Последние диски большой емкости физически используют сектора 4096 В (называемые "расширенным форматом"), но ОС видит каждый сектор как 8 секторов по 512 В каждый. Даже если файловая система выровнена по этим секторам размером 512 В, она все равно может начаться в середине реального сектора размером 4 КБ, что приведет к той же проблеме, что и выше.
Чтобы избежать этого и связанных с этим проблем с выравниванием в будущем, многие программы разметки начали выравнивать на границах до 1 МБ (что, в любом случае, не так уж много для терабайтных дисков).