Ваши другие псевдонимы и такие определены в ~/.profile? Если так, то это будет переопределено ~/.bash_profile, поэтому все в .profile станет недоступным. Решение: объединить их; поместите все свои определения в один файл профиля, а не разделяйте их между двумя файлами. На самом деле не имеет значения, какое имя вы используете (.profile или .bash_profile), если у вас нет команд, которые зависят от расширений bash - в этом случае используйте .bash_profile.
Другая возможность состоит в том, что ваши старые определения были в .bash_profile, и когда вы добавили новую команду, вы заменили (а не добавили) старое содержимое. В этом случае вы должны либо искать резервную копию, либо приступить к воссозданию того, что у вас там было.