Объединение файлов
Я ожидаю, что один большой файл будет лучше для производительности, если вы обычно читаете все данные, читаете их последовательно и если большой файл относительно нефрагментирован.
TrueCrypt
Использование любого вида сжатия или шифрования будет намного хуже для производительности жесткого диска.
Обновить:
Согласно ответу на этот вопрос «произойдет некоторое снижение производительности, хотя и незначительное». Ответ относится к статье Tom's Hardware, в которой говорится
Тест показывает разную производительность и сильно зависит от процессора, а затем от диска, который вы собираетесь зашифровать: AES и Twofish обеспечивают максимальную пропускную способность для нашего ноутбука Core 2 Duo Dell Latitude D610.
Как только вы начинаете комбинировать несколько алгоритмов шифрования, например, Twofish и Serpent, производительность значительно падает. Хотя это не заметно при работе с Windows и популярными приложениями, увеличение нагрузки на систему, например, во время выполнения многозадачных задач или при выполнении интенсивных рабочих нагрузок, таких как транскодирование видео, значительно снизит производительность системы.
В статье Википедии говорится
При использовании популярных настольных приложений "разумным образом" и с использованием только одного алгоритма шифрования влияние TrueCrypt на производительность настольных приложений обычно не заметно, хотя это зависит от приложения, и опытные пользователи могут жаловаться. Использование быстрого многоядерного процессора и быстрого системного диска, предпочтительно флэш-накопителя, делает TrueCrypt почти прозрачным
Я не знаю каких-либо доказательств того, что Truecrypt значительно улучшит производительность жесткого диска.