Как вы говорите, для этого существует множество стандартных программ. Для этой цели я сейчас использую собственный скрипт оболочки. В будущем я перенесу его на Perl, чтобы сигнализировать об успехах и сбоях в панели управления. Я уже реализовал аналогичную концепцию для резервных копий MySQL из шести серверов, они обновляют статус в Amazon SimpleDB, и у меня есть панель для проверки статуса.
Вот мой сценарий: 
#!/bin/sh
HOSTNAME=MYHOSTNAME                               # name of this computer
DIRECTORIES="/var/www /etc/ /var/backup/database" # directories to backup
BACKUPDIR=/mnt/backup                             # where to store the backups
TIMEDIR=/mnt/backup/last-full                     # where to store time of full backup
TAR=/bin/tar                                      # name and location of tar
PATH=/usr/local/bin:/usr/bin:/bin
DOW=`date +%a`                          # Day of the week e.g. Mon
DOM=`date +%d`                          # Date of the Month e.g. 27
DM=`date +%d%b%Y`                       # Date and Month e.g. 27Sep2010
# On the 6 of the month a permanent full backup is made
# Every Sunday a full backup is made - overwriting last Sundays backup
# The rest of the time an incremental backup is made. Each incremental
# backup overwrites last week incremental backup of the same name.
#
# if NEWER = "", then tar backs up all files in the directories
# otherwise it backs up files newer than the NEWER date. NEWER
# gets its date from the file written every Sunday.
# Monthly full backup
if [ $DOM = "06" ]; then
    NEWER=""
    $TAR $NEWER -cf $BACKUPDIR/$HOSTNAME-$DM.tar $DIRECTORIES
fi
# Weekly full backup
if [ $DOW = "Sun" ]; then
    NEWER=""
    NOW=`date +%d-%b`
    # Update full backup date
    echo $NOW > $TIMEDIR/$HOSTNAME-full-date
    $TAR $NEWER -cf $BACKUPDIR/$HOSTNAME-$DOW.tar $DIRECTORIES
# Make incremental backup - overwrite last weeks
else
    # Get date of last full backup
    NEWER="--newer `cat $TIMEDIR/$HOSTNAME-full-date`"
    $TAR $NEWER -cf $BACKUPDIR/$HOSTNAME-$DOW.tar $DIRECTORIES
fi