Да, существует ограничение на количество файлов, которые могут существовать в каталоге. Это ограничение зависит от того, какую файловую систему вы используете, и, возможно, от того, какие параметры использовались при форматировании файловой системы.
По умолчанию для ext3 (и я считаю, что ext2), ограничение составляет 32 000 файлов.
РЕДАКТИРОВАТЬ: Дальнейшее чтение, а также мое собственное тестирование, показывают, что ограничение в 32000 файлов больше не является проблемой в современных ядрах с ext3. Тем не менее, все еще существует ограничение в 32 000 подкаталогов, поэтому, хотя комментарии JdeBP технически верны, этот Хагги спросил, и я ответил на неправильный вопрос ... Суть ответа та же.
Рассмотрим этот тест:
$ mkdir asdf
$ for x in $(seq 1 32000); do mkdir $x; done
mkdir: cannot create directory `31999': Too many links
mkdir: cannot create directory `32000': Too many links