Да. Пока вы переустанавливаете Windows, убедитесь, что (на экране выбора раздела) не трогайте ваш дополнительный диск. Установка Windows будет только отформатировать целевой раздел.
Как всегда с проблемами с данными, не делайте это поспешно, убедитесь, что вы дважды проверили, прежде чем нажимать какие-либо кнопки подтверждения и знаете, что произойдет.
Чтобы быть уверенным, что вы, конечно, можете удалить свой дополнительный жесткий диск (с выключенным питанием, конечно, :)), тогда нет риска, что установка Windows стерла его.