В Википедии есть несколько ответов.
Первоначально он был сделан Eazel, но теперь Eazel уже нет. Наутилус живет через проект GNOME.
С открытым исходным кодом, программным обеспечением GPL, право собственности на проект действительно зависит от того, кто хочет что-то предпринять. Поскольку любому разрешено копировать проект и создавать свою собственную версию, иногда вы увидите, что над проектом работают две или более группы одновременно. Это может произойти, когда две группы расходятся во мнениях относительно направления принятия проекта, поэтому они "разветвляются" на два разных пути.
В случае с Nautilus, когда Eazel ушла, а GNOME все еще работает над проектом, здесь нет разногласий. Понятно, что версия GNOME является "официальной".
Я считаю, что он не используется в других средах. Я не уверен, что Nautilus может работать без других компонентов GNOME. Я ожидаю, что он будет работать, и любые функции, требующие компонентов GNOME, просто не будут работать. Если у вас есть система, работающая с KDE, попробуйте запустить Nautilus и посмотрите, как она реагирует.