Либо всегда копируйте их на отдельный жесткий диск или флэш-диск, когда вы закончите. Если вам не нужно гарантировать безопасность, тогда используйте сервис типа dropbox для хранения резервных копий - они сохраняют каждую ревизию ваших файлов, и это бесплатно. Есть другие платные услуги, если вам нужно больше места для хранения.
Если у вас есть второй компьютер, вы также можете настроить свой собственный репозиторий кода и использовать его непосредственно из Xcode.
Time Machine также является хорошим вариантом, поскольку, хотя она предназначена для резервного копирования всех файлов, ваши файлы кода должны быть включены.
Резервное копирование - огромная тема, от простого хранения второй копии на отдельном диске до нескольких внешних резервных копий массива RAID-1 - все зависит от того, сколько данных действительно стоит для вас, если они будут потеряны.