Я не знаю, как использовать для этого контрольную сумму, тем более что с некоторыми настройками может случиться так, что при загрузке файлы будут слегка изменены. Относительно безопасный способ (и более быстрый, чем загрузка отдельных файлов) состоит в том, чтобы загрузить почтовый индекс, проверить контрольную сумму этого и затем распаковать его. Но если бы произошла ошибка при передаче zip-файла, он, вероятно, был бы сломан и вообще не разархивирован.
Если у вас нет возможности расстегнуть молнию, хороший хостер сделает это за вас. То же самое, если вы загружаете, они могут создать почтовый индекс вашей установки для вас.
Если у вас есть доступ к бэкэнду, вы также можете использовать расширение для резервного копирования. Затем загрузите резервную копию и распакуйте ее локально. Есть также несколько PHP-скриптов для создания сжатых резервных копий.
В любом случае, часто есть веские причины для сравнения папок. Я использую PhpStorm для этого. Хорошие программы ftp, такие как WinSCP, также имеют параметры сравнения папок. Это займет много времени. По правде говоря, вы можете (по крайней мере, с PhpStorm) даже сравнивать контент. Для всей установки Joomla это может занять целый день, даже при быстром подключении.
Извините, я вижу, вы спрашивали о FileZilla. У меня сильная неприязнь к FileZilla, поэтому я не использовал его в течение многих лет. Если у него нет сравнения папок, сбросьте его.
Сравнение размеров было бы легко, если бы у вас был доступ по ssh к серверу. Но вы, вероятно, нет - тогда я бы не знал, как вы могли бы сделать это. См. Просмотр размера каталога с filezilla, который ссылается на это: https://forum.filezilla-project.org/viewtopic.php?t=34641.