<ОС env: WIN10>
1\ Это приложения в меню автозагрузки
2\ Это так называется, где должны быть вложены приложения автозапуска (файлы lnk)
вопрос: почему они не совпадают друг с другом? Как видите, в папке автозагрузки отсутствует хотя бы один файл запуска lnk.
В Windows есть несколько мест, которые контролируют, какие программы открываются при запуске.
Номер 2, который вы упомянули, это только одно место.
Список мест: http://gladiator-antivirus.com/forum/index.php?showtopic=24610
Инструмент для реального управления всем этим: https://docs.microsoft.com/en-us/sysinternals/downloads/autoruns
