Ваша проблема заключается в том, что zenity ожидает цифры и комментарии, один за другим. Вы отправляете больше с флагом "-b". Попробуйте удалить его и попробуйте снова.
Zenity читает данные из стандартного ввода построчно. Если перед строкой стоит префикс #, текст обновляется текстом этой строки. Если строка содержит только число, процент обновляется с этим числом.
Смотрите: документация Zenity
Используя только SCP
Похоже, вы хотите иметь представление о прогрессии. Я бы попробовал многословный флаг scp, который должен помочь:
scp -v user@remote:/home/folder/* .
Я не уверен в том, чего вы пытаетесь достичь, но вы можете включить подпапки в команду копирования и сжатия, чтобы сократить время передачи следующим образом:
scp -vrC user@remote:/home/folder/* .
Использование Rsync
На вашем месте я бы использовал для этого rsync, который делает инкрементные копии и многое другое, например, сохранение разрешений и времени. Вот некоторые команды, которые я использую все время:
Инкрементная копия без удаления локальных файлов
rsync -avz --progress user@remote:/home/folder/ ./
Инкрементная копия создает зеркало обеих каталогов, удаляя файлы, отсутствующие на удаленном сервере
rsync -avz --delete --progress user@remote:/home/folder/ ./