Причина ошибки заключается в том, что для импорта сертификата в ваш идентификатор требуется полная цепочка сертификатов, которой нужно доверять. По умолчанию некоторые из более новых промежуточных сертификатов отсутствуют ни в каталоге domino, ни в вашей личной адресной книге, ни в вашем файле id. 
Если вам это нужно только для себя, воспользуйтесь диалоговым окном, которое вы уже нашли, чтобы импортировать корень и все промежуточные продукты в файле id с помощью кнопки « Your Certificates - Get Certificates - Import Internet Certificates и добавить их (сверху вниз, root -> промежуточный -> личный) к вашему идентификатору.
Если вам это нужно для более чем одного пользователя, то добавьте промежуточный сертификат непосредственно в каталог domino.
Тогда он будет автоматически использоваться для каждого пользователя.
Для этого откройте names.nsf на своем сервере, перейдите в представление « Security\Certificates и нажмите « Actions - Import Internet Certificates . Затем выберите сертификаты и импортируйте их. 
Чтобы сертификаты работали, ОЧЕНЬ важно: 
- импортировать их в правильном порядке
 
- не забывайте никакого промежуточного
 
- убедитесь, что у вас есть полная и правильная цепочка
 
Я приведу один пример (это для сертификатов сервера, но то же самое верно для сертификатов MIME): 
Если у вас есть сертификат сервера Thawte 123, то вам в первую очередь нужен сервер Thawte Premium:
    Issuer: C=ZA, ST=Western Cape, L=Cape Town, O=Thawte Consulting cc, OU=Certification Services Division, CN=Thawte Premium Server CA/emailAddress=premium-server@thawte.com
    Subject: C=ZA, ST=Western Cape, L=Cape Town, O=Thawte Consulting cc, OU=Certification Services Division, CN=Thawte Premium Server CA/emailAddress=premium-server@thawte.com
Эту информацию можно извлечь с помощью бесплатного инструмента openssl с помощью команды openssl x509 -in filenamewithcert.pem -text
Вы видите: в этом сертификате и субъект сертификата идентичны: это самозаверяющий корень. 
Тогда вам нужен thawte Primary Root:
    Issuer: C=ZA, ST=Western Cape, L=Cape Town, O=Thawte Consulting cc, OU=Certification Services Division, CN=Thawte Premium Server  CA/emailAddress=premium-server@thawte.com
    Subject: C=US, O=thawte, Inc., OU=Certification Services Division, OU=(c) 2006 thawte, Inc. - For authorized use only, CN=thawte Primary Root CA
Вы видите: ISSUER - первый импортированный сертификат. ВАЖНО, чтобы они совпадали.
И последний из них - до сертификации вашего собственного сервера - это Thawte DV SSL CA:
    Issuer: C=US, O=thawte, Inc., OU=Certification Services Division, OU=(c) 2006 thawte, Inc. - For authorized use only, CN=thawte Primary Root CA
    Subject: C=US, O=Thawte, Inc., OU=Domain Validated SSL, CN=Thawte DV SSL CA
Это само подписано Первичным корнем.
Очень часто подписчики ваших сертификатов не позволяют вам легко узнать, какие сертификаты используются для подписи ваших собственных. 
Используйте openssl, чтобы узнать и "перепроектировать" правильный порядок. Если вы импортируете все в этом порядке и не пропустите промежуточное звено, то это будет работать.