Процедура обслуживания самого диска, протокола передачи данных, будь то SATA или USB, не имеет значения.
Процесс дефрагментации диска перемещает фрагменты данных на диске, чтобы сократить время поиска - этот процесс перемещения включает в себя чтение файла данных в ОЗУ, а затем запись его обратно на диск, поэтому, как правило, процедура занимает намного больше времени на диске. внешний диск, потому что у вас есть все издержки протокола USB и ограниченная пропускная способность.
При этом процесс дефрагментации диска обычно используется для ускорения времени доступа к файлам, и на самом деле его не нужно выполнять на внешнем диске, если он используется нечасто только для хранения резервных копий.